Научно-исследовательский институт алтаистики им С. С. Суразакова, называвшийся изначально Горно-Алтайским научно-исследовательским институтом истории, языка и литературы (ГАНИИИЯЛ), существует с 1952 года.Он был открыт в соответствии с Постановлением Совета Министров СССР от 10 ноября 1951 г. и решением Исполнительного комитета областного Совета депутатов трудящихся Горно-Алтайской автономной области № 251 от 6 мая 1952 г. Огромный вклад в создание и становление института внесли выдающиеся ученые нашей страны Н. А. Баскаков и Л. П. Потапов.
В свое время создание института было продиктовано необходимостью изучения истории, языка и литературы алтайского народа. Первоначально в институте работало семь человек во главе с его первым директором Сазоном Саймовичем Суразаковым, положившим начало созданию научной школы в нашем регионе.
В летопись института внесены имена известных ученых разных поколений: С. С. Суразакова, Т. М. Тощаковой, Е. М. Тощаковой, П. Е. Тадыева, Н. А. Кучигашевой, Т. С. Тюхтенева, С. Я. Пахаева, Ф. А. Сатлаева, В. Н. Тадыкина, С. М. Каташева, В. И. Эдокова, Н. А. Майдуровой, З. С. Казагачевой, А. Т. Тыбыковой, М. Ч. Чумакаевой, Р. А. Палкиной, А. С. Суразакова, Н. И. Шатиновой и других.
В соответствии с постановлением Правительства Республики Алтай (№ 196 от 17 июля 2001 г.) институт получил наименование Научно-исследовательский институт алтаистики им С. С. Суразакова. Сегодня НИИ алтаистики им. С. С. Суразакова является ведущим научным учреждением, деятельность которого направлена на изучение языка, литературы, фольклора, истории и этнографии алтайского этноса, а также других народов Республики Алтай. Ученые института осуществляют также сравнительно-сопоставительное исследование этнокультурных связей населения Алтая с народами Сибири, Китая, Центральной Азии и др. регионов и стран.
Деятельность института качественно изменилась в связи с переходом от бюджетного к программно-целевому методу планирования, что позволило повысить эффективность научных исследований и практического использования их результатов для социального, экономического и духовного развития народов Республики Алтай, скоординировать работу имеющегося научно-исследовательского потенциала, усилить контроль над качеством работ и расходованием средств. С 2008 г. научный коллектив института выполнял Ведомственную целевую программу «Этнокультурное наследие народов Республики Алтай – основа устойчивого развития региона». С 2016 г. реализуется основное мероприятие «Этнокультурное наследие народов Республики Алтай» подпрограммы «Развитие науки в Республике Алтай» государственной программы Республики Алтай «Развитие образования».
Институт располагает богатой научной библиотекой. Основу фонда библиотеки составляют редкие издания, переданные библиотекой Московского государственного педагогического института им К. Либкнехта, эвакуированного в годы Великой Отечественной войны из Москвы в Горно-Алтайск, а также книги из личных библиотек сотрудников института.
Научный архив института имеет богатый фонд рукописей, аудио- и видеозаписей, фотографий и т.д.
В разные годы директорами научно-исследовательского института были известные ученые и общественные деятели Горного Алтая: Сазон Саймович Суразаков, Екатерина Макаровна Тощакова, Таисия Макаровна Тощакова, Павел Егорович Тадыев, Екатерина Григорьевна Мултуева, Иван Петрович Эдоков, Яков Андреевич Пустогачев, Тамара Михайловна Садалова, Наталья Михайловна Екеева, Николай Васильевич Екеев. С 2024 г. и.о. директора является кандидат филологических наук Алексей Эдуардович Чумакаев.